Madoka levava uma vida normal de estudante da oitava série até ter sua vida mudada completamente ao encontrar um ser misterioso chamado Kyuubey. Tal ser tem o poder de realizar qualquer desejo, desde que a menina que tenha seu desejo realizado aceite se transformar em uma Garota Mágica e combater bruxas, seres malévolos nascidos de maldições. Em contra partida, temos uma misteriosa garota chamada Akemi, que tenta a todo custo impedir que Madoka se torne uma garota mágica, mas por quê?
No meio disso tudo ainda temos Mami, uma veterana disposta a ajudar a garota em seu treinamento de garota mágica; a melhor amiga de Madoka, Katherine; e a temperamental Elizabeth formando o grupo que enfrentará as mais adversas situações em busca de respostas e lutas contra seus próprios destinos. Não espere uma história tradicional do gênero fantasia, A magia de Madoka a conta de uma maneira inovadora.