203X. Muitos anos se passaram desde que Frisk desaparecera do subsolo, deixando para trás uma legião de monstros aprisionados e desesperançosos.

Na superfície, o mundo está desolado. Mísseis e armas químicas são lançados todos os dias, não há nação ilesa dos males da guerra. Após se perder do que restou de sua família, uma jovem menina escala o intransponível monte Ebott na esperança de sobreviver, mas acaba por cair na mesma caverna que seu pai caíra anos atrás.

No subsolo, o clima é de tensão. A Imortal Undyne se rebelou contra o rei Asgore Dreemurr, alegando que o mesmo detém o poder de quebrar a barreira, mas propositalmente mantém seu povo aprisionado. Com seu lar à beira de uma guerra civil, Toriel se esforça tanto para proteger a humana caída quanto para evitar uma catástrofe.