A historia se passa alguns anos após os eventos ocorridos na batalha contra Poseidon, confronto entre Seiya, Shiryu, Hyoga, Shun e Ikki contra os generais marinas no fundo dos oceanos. O mundo foi novamente apresentado a um período de paz após este embate. Porém, 243 anos se passaram desde o ultimo enfrentamento de Athena contra o deus do mundo dos mortos. Esse é o tempo que este temível inimigo leva para se recompor e ressurgir novamente para tentar tomar o lugar da deusa da sabedoria na terra. desta vez, este mal veio decidido a vencer a guerra desta era, utilizando métodos que nem mesmo a própria deusa Athena poderia esperar.