Há muitos anos atrás o belo continente de Hoenn foi palco de uma guerra, onde ambos os lados eram tão poderosos que quase resultou na destruição do continente. A dor, o medo e o ódio foram fincados tão profundamente no interior daquela nobre população que até hoje a maioria das pessoas se recusa a falar no assunto. Uma lei foi criada, e em nenhuma escola deveria ser contado sobre aquele acontecimento durante as aulas de história. Os pais foram proibidos de mencionar o assunto com seus filhos e assim houve paz por quase vinte anos. O continente se reergueu e novamente tornou-se uma das maiores potencias mundiais.
Entretanto, o que a maioria da população não sabia era que aquela guerra trouxe sequelas, oriundas de ações tão horríveis que causariam asco na maioria dos humanos. Uma barreira que deveria ser intransponível foi quebrada e o respeito à vida e a dignidade humana foi esquecido. O clima de Hoenn começava a mudar novamente, o cheiro de medo espalhava-se pelo ar, pokémons fugiam ou tornavam-se agressivos como se pressentissem o grande evento que estava prestes a acontecer. Finalmente o lado escuro havia despertado.

Toda alegria será transformada em dor
Toda utopia em insanidade
Em um tempo, pura e doce existência humana,
Hoje, apenas resquícios de ódio e maldade...

Faz estes, tão belos sonhos,
Repletos de esperança, amor, amizade...
Alimentem tudo que é impuro,
Criem guerras regadas a crueldade.

Para todos aqueles que,
Tendo e vista usar de força a covardia,
Ideais são facilmente manipuláveis,
Assim como vidas humanas descartáveis...

Alheia ao início do caos, a jovem May Primrose sai de casa em sua jornada com dois objetivos: Se tornar a melhor treinadora de Hoenn e encontrar aquela que lhe deu a vida. Junto de seus amigos, ela irá se deparar com uma jornada repleta de aventuras, perigos e descobertas. Entretanto, mal sabe esses pequenos jovens que seu futuro estará mais interligado ao destino do continente do que os mesmo sequer ousariam imaginar.