Anos antes de Leyaso Tokugawa unificar o Japão, ele conheceu o jovem ninja Hattori Hanzo. Leyaso, entediado com seus afazes, fica amigo de um aprendiz ninja sem nenhum talento, que falhou miseravelmente em mata-lo. Juntos, eles veem que existem mais conspirações e inimigos do que aparenta, e descobrimos porque Leyaso terminou de unificar seu xogunato.