Um ano depois de entrarem para a MIB, o casal de agentes J e L são parceiros que trabalham muito bem juntos, bem até demais para seu próprio ofício.

Lidar com seres estranhos de outros planetas virou rotina na vida desses dois, até que surge um caso absolutamente intrigante, envolvendo uma alienígena sem-teto, chamada Nova, cuja raça não é identificada pelos sistemas da MIB.

Isso leva J e L a uma série de investigações que revela um segredo de um membro da organização, que pode colocar em risco a vida de todos os alienígenas imigrantes na Terra, cujo número já chega perto do número de habitantes humanos no planeta, o que leva ao surgimento de um grupo de civis supremacistas humanos, chamado Nação Humana.

Para terem acesso a informações cruciais sobre os ancestrais de Nova, J e L vão precisar da ajuda de uma versão do passado do lendário Agente K, sem que isso interfira no seu presente como civil.
Será que os Homens (e Mulheres) de Preto conseguirão parar essa ameaça que agora vem de seu próprio planeta?



Esta história é uma sequência alternativa do filme de 1997, "MIB - Homens de Preto", desenvolvendo a relação entre os agentes J e L, além de expandir a mitologia da franquia, explorando a origem da organização e certos elementos da saga que foram apenas superficialmente apresentados no primeiro filme.

O tema da imigração é ainda mais aprofundado, proporcionando um teor mais socialmente crítico à saga.

A trama desconsidera as duas sequências que o filme original teve, tentando estabelecer também uma coerência entre o filme original e a série animada derivada do filme.

Você vai ter medo, você vai ter medo quando aqueles homens vierem até você, então negue, você não viu nenhuma luz no céu, tema-os, eles vestem preto.