Esta história é uma sequência alternativa do filme de 1997, "Homens de Preto", desenvolvendo a personalidade dos agentes J e L e a relação entre eles, além de expandir a mitologia da franquia, e explorar ainda mais certos elementos da saga, que foram apenas superficialmente apresentados no primeiro filme.

O tema da imigração é ainda mais aprofundado, proporcionando um teor mais socialmente crítico à saga.

A trama desconsidera as duas sequências que o filme original teve, tentando estabelecer também alguma coerência entre o filme original e a série animada.