Em "Alterego", humanos desenvolvem a habilidade de manifestar uma espécie de escudo da alma que esconde suas verdadeiras essências. Por isso é chamado de alterego, um outro eu. Enquanto a humanidade se alegra com novas habilidades, os avanços da ciência e novas tecnologia proporcionadas pelo alterego, surge das sombras um movimento unificador que se materializa na Aliança Internacional.



De repente a paz é interrompida por um rebelde portador de um poderoso alterego chamado Kubo Daisuke, opositor à tentativa de criar um governo global. E agora, quem é o vilão e o herói? Quais seriam os motivos por trás de cada um?