Will Miller, Estágiario da Black Mesa Research Facility, está no seu primeiro dia de trabalho, Junto com seu melhor amigo, John Armstrong, que o indicou para o cargo de físico quântico da black mesa, depois que o ultimo sofreu... bem, um pequeno acidente.
Durante o trabalho, Está sendo realizado um experimento com um cristal estranho no Nivel 3, E então, ocorre o desastre que mudou o mundo...