Yatha, uma região vizinha a Orre, é o lar dos maiores mistérios de todo o mundo Pokémon, repleta de lendas que dizem sobre os Pokémon lendários que por lá habitam. Nessa região vive Don, um jovem rapaz prestes a embarcar numa jornada Pokémon que tomará caminhos inesperados.

Com os Pokémon de todo o mundo em perigo, Don e os amigos que fará durante a jornada – pessoas e Pokémon – vão precisar unir forças para deter a crescente ameaça da equipe Shadow, que ressurge das cinzas da Cipher, que uma vez trouxe o caos às terras de Orre.

Yu Narukami tornou-se cúmplice de Adachi Tohru no momento em que destruiu a evidência dos crimes cometidos pelo rapaz, e agora, está sendo obrigado a auxiliá-lo em seu próximo crime: trazer o mesmo pânico que assola a pequena cidade de Inaba à enormosa Tóquio. Porém, tal feito não será fácil, uma vez que eles estarão entrando no território dos Phantom Thieves.

Serão Joker e seus amigos capazes de impedir que o praticamente semideus Adachi traga a ruína ao Japão e ao mundo inteiro?