Jackson, Hiccup, Hiro e Kristoff são quatro irmãos mutantes, treinados na arte de Ninjutsu por seu sensei, Mestre North. Durante a historia eles aprendem a confiar um no outro, como eles desvendam o mistério de sua existência e treinam para se tornar os heróis que são destinado a ser. E eles estão fazendo tudo para derrotar o Breu, um velho inimigo de North que está treinando uma peculiar bando de ninjas, enquanto se escondendo na cidade de Nova York. Quando estão na superfície, as tartarugas se envolvem em uma conspiração com criaturas alienígenas robóticas, droids e cientistas desaparecidos. Eles se veem face a face com a substância verde brilhante que os transformou...