Séculos atrás, os humanos criaram novos deuses para substituir os deuses antigos. Até deu certo ponto estava dando certo, até um certo dia em que uma deusa do nada ficou com ódio dos humanos e levou todos eles a era das trevas. Zeus prendeu essa deusa dentro de uma caixa depois colocou também os outros novos deuses dentro da caixa e a escondeu em um lugar que ninguém seria capas de achar ou sobreviver no meio do caminho. Séculos depois, essa mesma deusa foi esquecida por todos, menos por Zeus que jurou a si mesmo mata-la se ela não mudar.
Mais ela consegue fugir e leva com sigo algumas deusas que também foram presas na caixa, mais por algum motivo elas acreditam serem humanas e a única que sabe que na verdade é uma deusa é a que causou tudo isso. Zeus leva elas pro seu novo jardim pra aprenderem a amar os humanos tendo como professor Yui Kusanagi e os outros deuses.