A trama se inicia no ponto onde Pretty Little Liars, o primeiro livro, terminou: após uma cerimônia em memória de Allison DiLaurentis, a amiga cujo corpo foi encontrado três anos após seu desaparecimento, as garotas descobrem que todas estavam recebendo mensagens de texto e emails assinados por A, ameaçando revelar seus mistérios mais íntimos. Como desconfiavam que Ali poderia estar viva e ser a responsável pelos recados, elas sentem uma mistura de muita tristeza e alívio com a confirmação de sua morte. Mas A continua a atormentar cada uma das meninas e, desesperadas para descobrir a verdade, elas ficam chocadas ao ver que Toby Cavanaugh voltou à cidade: irmão de Jenna, do terrível segredo A Coisa com Jenna, ocorrida ainda no sétimo ano, seria ele A? Ou o assassino de Ali, que vivia maltratando-o? Ou os dois?

Na trama, Emily, Aria, Spencer, Hanna e Alison vivem no sofisticado subúrbio de Rosewood, na Pensilvânia. Inseparáveis, as cinco se mantêm ligadas especialmente em função de Alison, a garota mais popular da escola, que exerce um certo poder sobre cada uma das meninas e é a confidente de todas elas. Um dia, porém, Alison desaparece sem deixar rastro. Aos poucos, Emily, Aria, Spencer e Hanna se afastam. Alguns anos depois, as jovens começam a receber e-mails e mensagens ameaçadoras de alguém que aparentemente sabe de tudo que se passa em suas vidas e misteriosamente se identifica apenas como 'A'. Será que Alison estaria viva e disposta a revelar todos os segredos de suas ex-amigas?