Um dos projetos da Hope's Peak, foi de abrir uma cidade acadêmica para alguns alunos terem pontos de viagem mais amplos. 16 estudantes de elite com seu Super Duper High School Level tem apenas a lembrança de matriculas na escola e sua vida anterior a isso. Mesmo que não nostálgico a eles, Monokuma, Monomi e um novo androide-animal anunciam um jogo: Para se formarem, serem libertos e viverem felizes, alguém deve matar alguém e não ser descoberto.