Sistema de Lylat. 25 de dezembro de 3987. Anos após o segundo e último ataque do maligno Andross. Corneria, o quarto e principal planeta do sistema, foi completamente destruído pelo ambicioso Wolf O'Donnel. Há rumores de que ele fez isso por ordem de alguém... Enfim, o povo de Corneria, escoltado pelo exército, agora liderado por Fox McCloud, migrou para Fichina assim que soube de que uma boma com poder devastador foi plantada no núcleo do planeta. 5 anos após o desastre, no Natal, todos só querem celebrar. Mas não sabem que Wolf ainda está ali, em algum lugar...