Somos introduzidos mais uma vez a mais uma das encarnações de Link, mas esse tem uma diferença dos outros: ele é vítima de estranhos sonhos que são memórias de suas outras encarnações durante suas aventuras para salvar Hyrule ou outras terras distantes... Mas sua personalidade é totalmente diferente das suas outras encarnações, e ele terá que lidar com isso enquanto Hyrule é novamente ameaçada, por velhos conhecidos assim como novas ameaças...