Dois anos se passaram depois do "Dia Prometido" e todos achavam que os problemas haviam acabado, que o Amestris estava livre de seu passado com homunculos.
Por de trás das cortinas ex-militares e alquimistas tentam trazer o "Pai" de volta, porém acabam cometendo um grave erro: derrubam uma deusa de seu plano celestial para a realidade e sua vinda acaba fazendo com que a porta que mantinha deuses e criaturas fantásticas longe dos mortais, fosse aberta.
Edward e Alphonse Elric se vêem completamente envolvidos nesse novo perigo sem proporções ao ajudarem essa deusa, descobrindo que as consequências de sua "queda" pode colocar o mundo e a realidade em colapso.