Modern Pirates conta sobre um futuro não tão distante causado por consequências de experimentos de diversas mutações feitos por seres humanos com animais e até com eles mesmos. A raça humana deixou de governar e agora não é só por uma raça.
No século XXV o mundo é governado pelo transporte marítimo. Há uma cooperação entre as raças em relação a paz e o sustento da economia mundial, mas ao mesmo tempo não há tanta amizade entre espécies. Como consequência disso, ocorreram vários rebeldes, conhecidos como piratas, que saqueiam e se sentem felizes por tanto tesouro acumulado e por seu nome estar estampado em vários cartazes de "Procurado".
O personagem principal é Joey, um bengala de 16 anos que tem um grande sonho, ser um famoso pirata. Junto com seus irmãos, eles irão descobrir muitos outros segredos por trás da pirataria.