Início de operação: 1970

Principais cientistas envolvidos: Dr. Rafael Salazar; Dra. Violeta Salazar; Dr. Lord Van Kleiss

Realizado nos anos 2000 e 2010. A ideia era criar robôs tão pequenos que fossem capazes de manipular o DNA Humana à vontade. Esse projeto visava curar doenças e estender a vida humana até mesmo atingir a imortalidade. Este foi um dos projetos mais bem financiados do Programa, pois houve um interesse de um consórcio de pessoas para avançar nessas pesquisas. Contudo, a maioria dos testes têm dado mais problemas do que benefícios, criando anomalias batizada de EVOs. Os principais cientistas desse projeto são os Doutores Violeta e Rafael Salazar que aceitaram participar dele para encontrar uma cura para a doença de seu filho, Rex. Os nanites abrem um horizonte de possibilidades para medicina e ciência humana. No entanto, ocorreram evidências de sua periculosidade também. Muitas das cobaias dos nanites sofreram tantos danos em seu DNA devido a nanites ativos que se tornaram criaturas anormais catalogadas como Organismo Exponencialmente Variados, ou EVOs. Mesmo após o fim do programa Prometheus, o projeto ainda existe, sendo sustentado pelo tal consórcio atuando em laboratórios estrangeiros.