Shadow acordou, estava desmaiado, olhou ao seu redor e viu que estava cercado de Black Aliens. E estava em uma espécie de cometa. Ali havia algumas rochas de diferentes cores: Verde, vermelho, roxo, marrom e preto. Estava no que parecia ser o centro do cometa e podia ver que haviam cinco esmeraldas do caos ali. As outras duas estavam consigo. De repente Black Doom apareceu e disse para que entregasse as esmeraldas caóticas que estavam faltando. Obviamente o ouriço negro negou. O alienígena irou-se e mandou que seus soldados matassem Shadow. Os alienígenas começaram a disparar no ouriço negro, que matou a todos eles com um único ataque de energia caótico, invocando a explosão de caos, Shadow destruiu todo o cometa
Os poucos sobreviventes de lá caíram para dentro da estação espacial ARK. Lá, Black Doom não perdeu tempo e começou a atacar Shadow, que desviava dos golpes com pequenos tele transportes. Enfurecido, o líder dos Black Arms destruiu tudo o que via em sua fronte. Por muito pouco Shadow escapou.
Neste exato momento, os Chaotix apareceram, dizendo que estavam ali para coletar dados sobre a ARK. Espio e Charmy foram atrás dos tais dados, enquanto Vector resolveu ajudar Shadow. Os dois começaram a procurar armas pela colônia e quando conseguiram o suficiente, atiraram até que Black Doom caiu. Shadow aproveitou para pegar as esmeraldas caóticas antes de seu adversário. Somente com o poder delas teria alguma chance contra aquele oponente tão forte.
Ao chegar perto delas, rapidamente seu corpo reagiu ao excesso de energia do caos ali presente. Uma aura dourada surgiu ao seu redor e seus pelos ficaram da mesma cor. Havia se transformado em Super Shadow. Saiu voando até onde Black Doom havia caído, porém o alienígena não estava mais ali. Olhou para cima e viu uma criatura negra e rubra rodeando a colônia e carregando uma espécie de olho entre os chifres em sua cabeça. Shadow reconheceu: Era Black Doom. Porém não estava em sua forma normal, havia se transformado em algo mais poderoso e perigoso.
O ser o desafiou a lhe derrotar e salvar aquele planeta estúpido. Começou a contar sua história, detalhes que já conhecia e segredos nunca antes revelados. Desde sua criação até sua última aventura. Tudo foi voltando para a mente de Shadow. Agora todas suas dúvidas sobre o passado estavam esclarecidas. Mas, arrependeu-se, porque não foi como gostaria que fosse. Sua vida foi marcada por guerras, mortes, tragédias e ambições. Não foi como pensou que seria. Porém Black Doom não parou, mostrou a Shadow que os Black Aliens haviam derrotado até mesmo Sonic e os outros.. Tudo aquilo somente para convencer Shadow a ficar do seu lado.
Tudo parecia perdido, entretanto, quando Shadow pensou em desistir, uma tela gigante surgiu na parte exterior da ARK. Era um vídeo em que o Professor Gerald e Maria animavam Shadow para quando o Cometa Negro voltasse. Diziam que deveria ser forte e não desistir, entre outras coisas. Parecia até que estavam ali, vivos.
Haviam sido os Chaotix que exibiram o vídeo, aquela era missão deles. Coletar dados da ARK e exibir os mesmos para fazer com que Shadow se encorajasse e lutasse contra Black Doom. Sua missão havia sido cumprida.
...
Longe dali, Sonic e os outros observavam a tudo. Estavam atentos e envergonhados. Todos haviam duvidado do ouriço negro, achando que não iria enfrentar aquilo, pensavam que ou não sequer se juntaria ao seu lado ou não teria coragem (ou loucura) suficiente. Mas ele havia surpreendido a todos no momento em aceitou o desafio de Devil Doom (nome pelo qual Black Doom se chamava naquela forma). Nem mesmo Rouge e Ômega acreditaram que Shadow lutaria contra seu pai de sangue. Ainda mais agora que estava muito mais poderoso. Mas naquele momento todos confiavam na forma suprema de vida, afinal, tinha as esmeraldas do caos ao seu lado.
...
A luta prosseguia sangrenta. Shadow não parava de atacar com esferas, lanças e explosões do caos. Enquanto Devil Doom atirava destroços de seu cometa e mandava seu olho distrair Shadow para que o atacasse. Após cerca de três minutos a batalha terminou com Shadow sendo o vencedor. O vencedor voou até uma base da G-u-n onde estava tendo uma comemoração (assim como no resto do hemisfério atacado) e pediu para falar com o Comandante.
Sua vida mudaria para sempre após aquele dia. Passou a ser um agente da organização que um tempo atrás tanto odiou. Sua primeira missão foi ir até uma ilha chamada Solleana, procurar por um agente perdido. Era Rouge, logo resolveram sair daquele lugar (estavam em uma base de Eggman) e ir para o ponto de encontro com a G-u-n(Vale da Monarquia/ Kingdom Valley), mas ao invés de a organização os receber, quem os encontrou foi Eggman. Houve uma pequena luta, e o estranho objeto que Rouge carregava se quebrou.
E dele saiu o pior pesadelo de Shadow. Uma criatura que daria tudo de si para a destruição completa de tudo e todos. Uma criatura que provocaria sua morte no futuro. E até mesmo a morte da sua amada: Rouge. E a desativação de seu melhor amigo, Ômega. Uma criatura que destruiria a todos: Mephiles The Dark.