Sonic estava desacordado, em um local muito escuro, tão escuro que ele não conseguia ver um palmo à frente do nariz.

(Trilha Sonora: “Hill” – Sonic.EXE)

Então tudo começou a clarear, e ele conseguiu ver toda a Green Hill, mas ela estava muito estranha: no lugar dos totens havia lápides, o rio estava todo sujo de sangue, as flores estavam rasgadas, vários animaizinhos estavam mortos e desfigurados no chão, fazendo Sonic passar mal. Ele também estava escutando uma música muito estranha, como se fosse a música da Green Hill, só que tocada de trás para frente. Sonic começou a se assustar quando viu uns seres estranhos que pareciam seus amigos, mas que tinham a esclera preta, as pupilas vermelhas e choravam sangue (pior ainda era o que se parecia com o Tails: ele tinha a esclera branca, nenhuma pupila, chorava sangue e era preto ao invés de dourado), com medo de ser atacado pelos estranhos seres, que pareciam bastante assustadores, Sonic se escondeu dentro de sua casa (ou do que parecia ser sua casa) e trancou a porta.

(Trilha Sonora: “...” – Sonic.EXE)

Ao entrar em sua casa, Sonic começou a ouvir uma música mais estranha ainda: parecia uma música de velório e estava vindo de seu quarto. Entrando em seu quarto ele achou um boneco de pelúcia com a aparência do Tails, com botões no lugar dos olhos, cheio de costuras pelo corpo todo, com um cristal vermelho pendurado em sua testa e sentado à frente de um piano que estava tocando sozinho. Sonic mal se aproximou do boneco e ele se virou sozinho.

(?????): Tantas almas para se brincar... Tão pouco tempo... Você não concorda?

(Sonic, assustado, falando com o boneco): Foi você que disse isso?

O boneco gesticula lenta e negativamente com a cabeça.

(Sonic, mais assustado ainda): Tem mais alguém aqui além de nós dois?

O boneco, lentamente, gesticula que sim com a cabeça.

(Sonic, quase entrando em pânico): É o Sonic.EXE, não é? Ele está bem atrás de mim, não é?

O boneco torna a gesticular, lentamente, que sim com a cabeça. Sonic então se vira e vê seu “eu-maléfico” e os dois se encaram, a mesma música de velório de antes volta a tocar.

(Sonic.EXE): O que achou do meu bichinho de pelúcia? Bonitinho, não? E muito inteligente, esta marcha fúnebre que ele compôs é um réquiem dedicado a você. Descanse em paz, Sonic o Ouriço.

(Sonic): Seu desgraçado! Você é o culpado de tudo isso! Eu vou acabar com você!

(Sonic.EXE): Que falta de educação a sua! Vir à minha casa sem ser convidado e ainda me desacatar! Sua mãe não lhe ensinou modos?

(Sonic): Por sua causa eu estou me transformando em um monstro! Por sua causa meus amigos estão em perigo! Por sua causa eu machuquei a Amy!

(Sonic.EXE): Ah, a Amy! Aquela ouriçinha irritante bem que merecia por ficar me perturbando tanto! Acredite amigo, eu lhe fiz um favor!

(Sonic, enfurecido): Não ouse falar assim da Amy, ela é a minha melhor amiga! E eu vou vinga-la eliminando você!

(Sonic.EXE): Você está no meu mundo agora, Sonic! Não há nada que você possa fazer! Que brincar comigo? Então vamos brincar! CHAOS CONTROL!!!

Sonic.EXE estende suas mãos para o alto e todo o ambiente é envolto por um turbilhão vermelho. Quando o turbilhão vermelho desaparece, Sonic se vê no meio de uma estranha cidade sob uma noite de lua cheia.

(Sonic.EXE): Bem-vindo à Genocide City, o seu futuro túmulo!

(Sonic): Eu não pretendo morrer aqui! Eu irei enfrenta-lo e irei derrota-lo!

(Sonic.EXE): Que vença o ouriço mais forte!

Sonic.EXE pareceu ter criado raízes no solo, mas quando Sonic viu que algo estava se arrastando sob o solo, deu um pulo bem alto. Ainda bem, caso contrário ele teria sido empalado por vários espinhos que haviam brotado do solo. Sonic acionou o Homing Attack e avançou contra o inimigo, porém ele desapareceu no momento do impacto, reaparecendo logo em seguida. Sonic.EXE carregou uma bola de energia vermelha e disparou-a com um soco, Sonic se esquivou da bola de energia e avançou contra o inimigo e deu um soco no inimigo, porém Sonic.EXE agarrou o punho de Sonic e revidou com um ataque de garras cortantes, abrindo três talhos no peito de Sonic e desaparecendo logo em seguida.

(Sonic.EXE): Você não pode fugir de mim!

Sonic olhou para todos os lados, tentando descobrir onde o inimigo estava.

(Sonic.EXE): Achei você!

(Sonic): O quê?

(Sonic.EXE): CHAOS BLAST!

A explosão do caos arremessou Sonic contra uma árvore. Sonic.EXE colocou o dedo indicador e o polegar da mão direita na boca e soltou um assobio que mais parecia um som estridente de jogo de 8-bits bugando, logo em seguida várias versões EXE dos amigos de Sonic apareceram e o atacaram, Sonic tentou lutar contra todos, mas começou a levar talhos no corpo e a ser subjugado por todos os inimigos.

(Sonic.EXE): Pare de se contorcer, senão meus lacaios não serão capazes de mata-lo sem lhe causar dor!

Sonic foi imobilizado por Tails.EXE e Silver.EXE, e estava prestes a ser atingido por um golpe de Knucles.EXE.

(Sonic.EXE): Você estava destinado desde o começo a ser derrotado, ouriço! Em nenhum momento você poderia me derrotar, eu sou uma superbactéria criada pelos melhores cientistas de Ron! Agora você irá morrer! (estala os dedos)

Knuckles.EXE deu um soco em Sonic, mas Sonic agarrou o punho do inimigo.

(Sonic.EXE): O quê?

(Sonic): Você está errado: Ron disse que meu pai foi infectado por esta bactéria, mas mesmo assim ele nunca sucumbiu a ela! Mesmo que eu tenha esta bactéria infectando meu sangue, eu ainda tenho o sangue de meu pai em minhas veias! Eu não irei me render!

Sonic se soltou e deu um Roundhouse Kick em Tails.EXE e Silver.EXE.

(Sonic): Saiam de cima de mim, suas aberrações! (soca a Rainbow Dash.EXE) Não importa o quanto vocês se pareçam com meus amigos, vocês não passam de monstros! (chuta a Sally.EXE) Meus verdadeiros amigos estão lá fora, lutando contra os Metarex e os Darkonianos, e estão torcendo por mim! (arremessa o Manic.EXE) Eu não vou deixa-los na mão!

Sonic derrotou todas as cópias maléficas, agora restava apenas ele e o Sonic.EXE.

(Sonic.EXE, aplaudindo sarcasticamente): Bravo Sonic, você conseguiu derrotar meus lacaios, mas não pense que isso muda alguma coisa. Eu irei mata-lo aqui e agora, e seu corpo será meu!

(Sonic): Nunca!

Os dois saltaram no ar e se prepararam para se socarem, mas bem quando iam se socar, Sonic.EXE virou poeira e toda a Genocide City começou a se desintegrar e a ter seus estilhaços puxados para cima, Sonic estava sendo puxado para um abismo que estava logo embaixo, mas antes de cair dentro dele Sonic acordou.

(Tails): Sonic, você conseguiu? Você derrotou o Sonic.EXE?

(Sonic): Não tenho certeza Tails (olha pela janela). Eu preciso que você me mande para a batalha agora mesmo!

(Tails): Está bem, entre no canhão principal da Blue Typhoon que eu irei lhe arremessar usando o Sonic Drive!

Sonic entrou no canhão, Tails ligou a energia e transformou Sonic em uma enorme bola de energia. Ao disparar, uma enorme bola azul de energia atravessou os céus deixando tanto aliados quanto inimigos desnorteados. Sonic se colidiu contra a nave mãe dos Metarex e foi parar dentro de uma sala grande, onde estavam vários Metarex e mais o NEVERMORE sentado em uma espécie de trono.

(NEVERMORE): Estava a sua espera, Sonic o Ouriço!