Sakura Kinomoto completou 13 anos, estudante da fictícia cidade japonesa de Tomoeda, que por acidente abriu há dois anos atrás um livro enigmático chamado Livro Clow. Do livro escaparam 52 cartas mágicas levadas por uma ventania  ocasionada pelos poderes da carta Vento, que foi libertada quando Sakura leu o seu nome.

Kerberos (Kero), o guardião das cartas, também surgiu do próprio livro e anunciou a Sakura que as cartas foram espalhadas por toda cidade de Tomoeda lhe concedendo a tarefa de reunínas novamente para impedir que uma desgraça recaia sobre o mundo.

As cartas possuem vida própria e poderes singulares que afetam o mundo de diversas maneiras e para combatê-las Sakura teve que dominar, através de um báculo mágico concedido pelo próprio Kerbereos, os poderes das cartas que aos poucos ia capturando.

Sakura nunca esteve sózinha. Ao seu lado sua melhor amiga Tomoyo, e posteriormente outros personagens, como Syaoran Li, um cardcaptor rival que mais tarde se torna seu aliado, e Yue, outro guardião das cartas.

Ao longo de sua jornada Sakura teve seus poderes mágicos aumentados, fez amizades novas e provou para si própria que é capaz de vencer todos os desafios com sua magia própria "Vai tudo ficar bem". Seu romance com Syaoran também foi algo inesperado que surgiu ao longo dos dias, uma vez que anteriormente o motivo de seus sonhos e devaneios sempre fora o melhor amigo de seu irmão, Yukito, quem ela descobriu posteriormente ser o disfarce do guardião do Livro Clow, Yue, representado pelo poder da lua.

Na segunda metade da história novos desafios surgiram no caminho de Sakura, como Eriol Hiiragizawa, e Sakura teve transformar as cartas Clow em suas próprias cartas: as Cartas Sakura, para impedir que estas, agora sob seu comando, perdessem suas vidas e se tornassem simples cartas de baralho.