Resposta do Autor [Lady Nymphetamine]: Oi? Tudo bem? 
Volte lá na primeira temporada, quando Leopold tem a crise de ciúmes por conta do Gênio e manda prendê-la no quarto. Ele não era uma boa pessoa com ela, nunca foi. Se puder, veja também outras séries medievais, como Game of Thrones, os Pilares da Terra, etc, até Borgias e The Tudors, que abordam casamentos medievais, só pra você ver como as esposas eram menos do que lixo na mão dos maridos.
Vou usar o que está escrito no texto para te responder: ela quer ser perdoada por ter tentado matar ele, então por isso ela acha que merece sofrer. É pacífico entre os Evil Regals que Regina sofria abusos do marido, então a força de uma pessoa tem limites (pesquisa um pouquinho sobre mulheres que vivem ou viveram relacionamentos abusivos, pois é muito fácil chamar de fraca aquilo que a gente não vive). 
Mary sempre foi cega quanto a personalidade do pai, volta naquilo que o pai dela prendeu Regina no castelo e ela não fez, nem soube de nada e continua defendendo ele o resto da temporada, como se ele não tivesse merecido morrer. 
Emma não atacaria tão de graça o próprio avô, ainda mais com Mary tão feliz com a volta dele.
Por isso, isto aqui é uma história de capítulos, pois o primeiro serve para estabelecer o problema, os demais vão determinar o enredo e resolver a situação.

Resposta do Autor [yasminchung]: Olá. Alguém que foi abusada sexualmente nao tem estrutura psicológica para ser uma super heroína. Todo mundo tem limitações principalmente se tratando de um trauma. Mary Margaret sempre foi cega quando se trata do pai. E estamos falando de alguém que supostamente estava morto e reapareceu do nada. O mesmo digo para Emma. Ela não conhece Leopold, se trata do pai da mãe dela. Algo bem delicado. Então vamos com calma pois é exatamente por isso que a história está dividida em capítulos.