Algumas horas após a batalha entre Sonic e Eggman, os superiores do exército G.U.N. descobrem tal acontecimento. Eles mandam seus melhores agentes para investigar o local, dentre os agentes, dois são bastante conhecidos. São os agentes Shadow e Rouge. Assim que eles chegaram no local do acontecimento Shadow e Rouge foram investigar o que havia acontecido. Os dois seguiram caminhos diferentes na inteção de buscar detalhes com o máximo de especificação.

Rouge: Shadow, vamos nos separar, assim nós poderemos investigar o local de uma forma melhor.

Shadow: Tudo bem, mas não se perca.

Rouge: Meu amigo eu sei muito bem o que faço, hahaha.

Shadow se moveu para dentro das ruínas ancestrais do local, enquanto a Rouge foi para o caminho que levava ao deserto. Shadow encontrou pedaços de um robô. Nesse pedaço estava escrito "EGG". Shadow já havia se movido muito ao interior das ruínas e teve que voltar, mas quando ele foi voltar um pedaço do chão rompeu fazendo com ele caísse em um local parecido com um abismo. Porem, quando ele acionou os foguetes dos Air Shoes dele, ele consegui ver uma base subterrânea com várias bandeiras com o símbolo da Eggman Land. Shadow usou o Controle do Caos para voltar à superfície e informar aos outros agentes.

Shadow: Atenção, eu encontrei esta peça que estava no subsolo das ruínas, aparentemente é de um robô do Doutor Eggman.

Agente: Muito bem. Contacte a Rouge para voltar aqui, imediatamente.

Shadow: Sim, senhor!

Rouge: Hmmm, o que é isto? Oh, uma Esmeralda do Caos.

Shadow: Rouge, o comandante da operação requer o seu retorno imediato ao ponto de encontro inicial.

Rouge:Tudo bem, vamos lá.

Shadow: O que é isso que você tem nas mãos?

Rouge: Eu encontrei por aí no deserto essa Esmeralda.

Shadow: Não mostre ela para eles, eu encontrei uma peça de um robô que o Eggman construiu. Se nós mostrarmos para eles a base vai ser atacada pelo Eggman e nós teremos menos ajuda para derrotá-lo, entendeu?

Rouge: Sim, Shadow, eu entendi, não sou uma criança, você sabe.

Então os dois retornaram para a base G.U.N. com uma Esmeralda do Caos na mão e escondida.

Assim que eles chegaram na base começaram a pensar em uma operação que pudesse ser bem sucedida para conquistar a base subterrânea do Eggman.