O grupo de Mario, Yoshi, Pit, Link e Kirby chega ao castelo do Rei Dedede, mas quando entram lá se surpreendem:

-Mas o que aconteceu aqui? O teto desabou!- Pit fica abismado.

Os heróis não entendem a causa do desmoronamento, mesmo assim eles vasculham o local esperando encontrar os troféus de Peach e Zelda, Yoshi encontra um papel em cima do trono:

-Pessoal, vejam esse papel que eu achei.

Aquele papel era uma espécie de mensagem de emergencia:

"Há dias atrás, meu soldado Meta Knight foi atacado por invasores e estes roubaram a Halberd para propósitos desconhecidos, tempos depois surgiram noticias sobre estranhas criaturas com uma nave gigante abrindo vácuos cósmicos pelo continente, mandei Meta Knight começar a investigar os acontecimentos. Mais dias se passaram e descobri que Bowser e Wario estão aliados aos invasores e estão caçando todos os lutadores do Smash World que possam atrapalhar, com estranhas armas que os derrubam instantâneamente para a forma de troféus. Preocupado com os atos desses dois, desenvolvi um broche especial capaz de restaurar pessoas transformadas em troféus, usando 3 troféus que tomei de Wario, deixei os broches neles. Se alguma coisa der errado, estes 3 nos protegerão..."

A mensagem estava incompleta, e mal sabiam que haviam 3 troféus soterrados nos escombros, o grupo continuou a busca até Link encontrar um rombo na parede:

-Vejam, parece que alguém esteve aqui, pegou os troféus e fugiu por essa caverna.

Agora eles devem procurar o suspeito pela passagem na parede.

A caverna é como se fosse um sub-nível do castelo, há canalizações por todos os lados e uma trilha iluminada por lanternas de fogo, toda a passagem estava guardada por soldados de Bowser, o que já indicava quem esteve no castelo. Aparentemente, armadilhas foram deixadas por todos os lados e o grupo tinha que tomar cuidado com elas ao mesmo tempo em que enfrentava os inimigos. Mais adiante o grupo encontrou problemas com vazamento de gases venenosos e deslizamentos, os bloqueios tinham que ser removidos a mão porque se Link acendesse uma bomba poderia explodir os gases. Yoshi farejava o caminho e apontava que estavam pertos da saída, mas antes que pudessem terminar surgiram 3 Goombas gigantes, Yoshi e Mario usaram seus Ground Pound e super pulos para acabar com os as versões gigantes de inimigos mediocres.

Ao sairem da caverna, o grupo de Mario encontra Bowser correndo para o penhasco:

-Aí está você seu lagarto asqueroso!- Mario começa a brandar seu arquiinimigo querendo lutar.
-Devolva esse troféu agora mesmo!- Link vê o troféu de Zelda nas mãos do rei Koopa.
-Se vocês querem tanto esses troféus, venham pegar. HHARHARHARHARRR!!!- Bowser provoca os heróis.

Mario começa a correr em direção a Bowser, ele pula para dar seu soco aéreo mas Bowser usa o troféu de Zelda como escudo, forçando Mario a errar o golpe:

-Bowser, você é um rato!- Mario fica bravo, Pit tenta usar suas flechas de luz:
-Não pode se proteger dessas flechas, elas só afetam criaturas malignas!- Pit lança uma flecha, mas Bowser desvia com um pulo, ele quase perde o equilibrio devido ao jogo do corpo e isso faz o broche no troféu de Zelda se soltar e cair no chão. Bowser está na beirada do penhasco:

-Você está sem saída, devolva esse troféu agora!- Mario fala e se aproxima!
-Se eu não puder ficar com esse troféu, então ninguém ficará com ele!!!!- Após falar isso, Bowser salta do penhasco espantando a todos... Mas o vilão reaparece a bordo de sua xicara voadora com os troféus de Peach e Zelda:

-BWARRHARHARHARRR!!! Vocês nunca mais as verão denovo!!! BWAHAHAHRRR!!!- E assim, Bowser foge para os céus em direção a Halberd.

-GRRRR! Bowser. Eu ainda vou pegrar você!- Mario perde a compostura após ter perdido as princesas mais uma vez:
-Que criatura desperzível, você ainda terá o fim que merece!- Link também fica revoltado com o acontecido. Yoshi repara que Kirby encontrou alguma coisa no chão, era o broche do Dedede que estava no troféu de Zelda, Kirby suga o broche sem saber o que era.

A Halberd começa a voar em direção ao vale do deserto, e o grupo de heróis começa a segui-lá. Mas enquanto isso, na entrada do castelo, Ancient Minister preparava outra bomba de Sub-Espaço para ser detonada:

-Eles já foram, podem ativar a bomba.- Por alguma razão, Ancient Minister espera os heróis fugirem para depois armar o mecanismo.

Os ROBs armam a bomba, e Ancient Minister se distancia lentamente, olhando para os dois robôs, até que um deles fala:

-Vai acabar tudo bem mestre, não se preocupe com a gente.- Logo em seguida, Ancient Minister vai embora.

A bomba explode, e o castelo do Rei Dedede é sugado para o Sub-Espaço com tudo o que havia dentro dele.

Na sala de controle, Ganondorf apenas observava:

-Bowser fez um bom trabalho afinal, mas por que Ancient Minister deixou aqueles cinco fugirem?

Enquanto Ganondorf refletia, o monitor começou a exibir uma mensagem: "Transmissão do Sub-Espaço: Prioridade 1", logo depois uma conversa por vídeo começou:

-Não se preocupe com os atos dele, o importante é que ele está fazendo a sua parte.
         -Hmmm! Tudo bem. Agora preciso de novas instruções, diga-me os próiximos passos, MASTER HAND.
         -Há dois intrusos nessa base, elimine-os antes que eles acessem a linha de produção das bombas.
         -Como quiser. Mandarei nosso mais poderoso aliado atrás deles.

Master Hand no comando da força do Sub-Espaço? Por que o próprio criador do Smash World está abduzindo seu próprio mundo para uma dimensão desconhecida? É dele que Bowser, Wario e Ganondorf acatam ordens? Mais um minstério intrigante permeia a aventura.

Ao fim da transmissão, Ganondorf fala:

-Farei tudo o que ordenar Master Hand, mas em breve EU começarei a assumir.