2 anos se passaram desde que a Tomoyo foi embora de Konoha para tentar deter os planos de Orochimaru. Infelizmente, muitas coisas aconteceram em Konoha que ela nunca soube. Sasuke se uniu ao Orochimaru, Naruto partiu por 2 anos e meio para treinar com o Sennin Jiraya e poder se proteger da Akatsuki, o sensei do Shikamaru, Sarutobi Asuma, morreu em uma luta contra a Akatsuki e Jiraya foi morto ao enfrentar Pain em Amegakure. Porém, a vida dela também não estava tão traquila assim.

Um dia, Naruto voltava do seu treinamento quando ele sente que há uma presença na floresta de Konoha, uma presença muito familar.

Sakura - O que houve, Naruto?

Naruto - Eu conheço esse chakra... É claro.

Naruto sai correndo e deixa Sakura, o seu novo parceiro de grupo, Sai e, o líder temporário do grupo Kakashi, capitão Yamato para trás.

Sakura - Naruto...

Naruto - Eu já volto, eu só vou ver uma coisa.

Ignorando o fato de ele não ter dito nada que fizesse tanto sentido, os três partem para Konoha e deixam o Naruto para trás.

Naruto - Eu sei que esta por aqui, apareça.

Garota - Impressionante, até aonde eu me lembre você não é muito bom em sentir o chakra das pessoas, Naruto.

Naruto - Ainda assim, o seu chakra é inconfundivel... Tomoyo-neechan.

Tomoyo sai do meio das arvores e corre para cima do Naruto e o abraça.

Naruto - Há quanto tempo, neechan.

Tomoyo - Eu sei, mas eu tenho coisas mais importantes para falar.

Tomoyo leva o Naruto para uma pequena caverna escondida na floresta de Konoha para eles conversarem.

Naruto - O que foi que houve?

Tomoyo - Você soube do Sasuke?

Naruto se cala na hora, ele não conseguia aguentar falar sobre o Sasuke, afinal, o Naruto não conseguiu traze-lo de volta depois que ele decidiu ir atras do Orochimaru.

Naruto - Tomoyo... Eu sinto muito, eu tentei impedir ele de se unir ao Orochimaru.

Tomoyo - Orochimaru?! Do que esta falando? O Sasuke matou o Orochimaru e depois foi atras do Itachi.

Naruto - O que? Ele matou o Orochimaru.

Tomoyo - E até aonde eu saiba ele também matou o Itachi.

Naruto se impressiona pelo que houve, apesar disso ele acaba ficando feliz por saber que é provavel que ele volte para Konoha agora.

Naruto - Eu não acredito, isso é ótimo. Quer dizer que agora ele não tem motivos para não voltar para Konoha.

Tomoyo - Na verdade, não... Tem mais ainda.

Naruto - Como assim?

Tomoyo - O Sasuke... Se uniu a Akatsuki.

O sorriso no rosto do Naruto some num instante ao descobrir que o Sasuke se uniu ao seu pior inimigo.

Naruto - Como assim, Tomoyo? Do que você esta falando?

Tomoyo - Eu, o Koji e o meu sensei, Raisen Takuya, estavamos procurando por ex-expermientos do Orochimaru, quando vimos o Sasuke junto do Itachi e ambos estavam esgotados, pouco depois um cara com uma mascara estranha apareceu e levou o Sasuke embora, nós os seguimos.

Naruto - E, o que vocês descobriram?

Tomoyo - Parece que o cara de mascara é um outro sobrevivente do clã Uchiha, ele contou sobre o passado do clã Uchiha e como o clã planejava dar um golpe de estado para derrubar o Hokage. Agora com a morte do Itachi os dois planejam voltar e destruir Konoha.

Naruto - O que?

Tomoyo - Naruto, eu sei que ele foi nosso amigo, mas...

Naruto - Tomoyo, por favor, eu sei o que vai dizer.

Naruto se levanta e fica olhando para a floresta de Konoha pela caverna e se lembra do dia que o Sasuke foi embora e quando o Naruto reencontrou ele na base do Orochimaru.

Naruto - Eu sei que temos que deter o Sasuke, mas eu tinha certeza que ele ainda poderia ser resgatado. Eu treinei com o Ero-sennin acreditando nissso.

Tomoyo - Ero-sennin? Quer dizer o Jiraiya-sama?

Naruto - Você conheceu ele?

Tomoyo - Conheci, eu encontrei ele quando eu estava viajando, parece que ele queria chegar em Amegakure.

Naruto - Entendo. Ele disse quando ele planeja voltar para Konoha?

Tomoyo - Na verdade, não. Parece que é uma missão longa e perigosa, ele não faz idéia de quando ele vai voltar.

Naruto - Droga, eu achei que ele continuar o meu treinamento. Bom, eu vou acertar as contas com ele quando ele voltar, vamos.

Tomoyo - Para onde?

Naruto - Para Konoha, o pessoal tem que saber que você voltou.

Tomoyo ouve o Naruto tentando leva-la para Konoha, mas ela se segura e não o deixa leva-la.

Naruto - Tomoyo-neechan...

Tomoyo - Naruto, eu sei que a sua idéia é reunir todos nós, ninjas de Konoha, mas eu não posso ir.

Naruto - Por que não?

Tomoyo - Naruto, eu ainda não completei a minha missão, eu prometi a mim mesma que só voltaria para Konoha depois de cumprir minha missão.

Naruto - Tomoyo-neechan...

Tomoyo - Por favor entenda, Naruto.

Naruto apenas segue até a Tomoyo e a abraça.

Naruto - Foi muito bom poder ve-la de novo Tomoyo.

Tomoyo - Naruto...

Naruto - Tomoyo, eu espero que você tenha sorte e volte logo para Konoha, o pessoal sente muito a sua falta, principalmente o Kiba.

Naruto se despede de Tomoyo e volta para Konoha, Naruto sabe que ela poderá voltar algum dia, desde que resolva sua missão, porém ele se lembra que não perguntou qual era a tal missão, mas ignora lembrando que poderá vir encontra-la na floresta de Konoha.

Enquanto isso, Tomoyo se encontra com seu amigo Koji.

Koji - Tomoyo o que houve, eu fiquei esperando você voltar, o Raisen-sensei, esta ficando impaciente.

Tomoyo - Eu estava conversando com um velho conhecido nosso.

Os dois continuam a conversar no caminho até a base deles. Koji não acredita que o Naruto ainda quer trazer o Sasuke de volta, e menos ainda que ele tenha treinado com o sennin Jiraiya.

Koji - Mas Tomoyo, eu achei que você ia contar para ele.

Tomoyo - O Naruto-nii já tem muita coisa na cabeça ele não precisa ter mais problemas.

Até que finalmente eles chegam na base deles, Raisen Takuya, um jounin de cabelos pretos lisos e com uma cicatriz em forma de lua em seu rosto, os espera para passar a missão deles.

Takuya - Vocês voltaram da vigia, não há nenhum jounin de Konoha por perto.

Tomoyo e Koji - Não.

Takuya - Perfeito, agora podemos seguir com o nosso plano.

Naruto segue sem saber que a sua irmã e Koji tem um plano que envolve Konoha.

Tomoyo - Raisen-sensei, tem certeza?

Takuya - Não podemos confiar que a Godaime terá como deter o Danzou sozinha, ainda mais agora com a morte do Itachi temos que agir sozinhos.

Tomoyo - Mas o que você esta dizendo, não faz sentido. Deter Akatsuki e Danzou para podermos nos tornar os novos líderes de Konoha.

Takuya - Não posso permitir que Konoha seja ameaçada por sujeitos como Pain ou Danzou.

Tomoyo nota algo estranho na frase de seu querido sensei, e ela começa a questiona-lo.

Tomoyo - Sensei, me diga quem é esse Pain?

Takuya - Ele é o líder da Akatsuki, por que?

Tomoyo - Pode me explicar como você sabe uma informação tão importante assim? Ou como você ousa esconder isso de nós?

Takuya começa a notar que Tomoyo não confia mais nele e começa a rir histericamente.

Takuya - Insolente.

Takuya parte para cima do Koji e quase o mata, mas ele escapa do golpe definitivo e se posiciona para proteger a Tomoyo.

Tomoyo - Koji.

Koji - Vá embora, Tomoyo, fale com o Naruto, eu o seguro aqui.

Tomoyo parte e apenas consegue ouvir o grito de dor de Koji. Enquanto ela chora ela continua a seguir para Konoha para falar com seu irmão.

Takuya - Droga, ela fugiu. Mas não preciso me preocupar, ela irá voltar, certo Koji.

Koji aparece como se apenas estivesse sendo controlado. Tomoyo segue para Konoha desesperada para encontrar o Naruto, porém, ao chegar em Konoha ela encontra a vila totalmente destruida e vários ninjas feridos e outros mortos. Pain atacou Konoha e foi derrotado pelo Naruto que foi atras do que ele diz ser o verdadeiro Pain.