Miku é uma garota misteriosa e fofa de 16 anos que está prestes a entrar na Academia Vocaloid junto ao seu irmão mais velho Mikuo, no início conseguiram fazer várias amizades, mas ao decorrer do tempo seu segredo pode acabar com seus laços de amizades e o único capaz de ajudá-la é Len Kagamine (Miku x Len).