Jessie Belcourt, 16 anos, decide pegar o metrô da grande cidade de Nova York depois de uma longa noite no Starbucks com os amigos. E o que ela menos esperava era testemunhar um ataque do terrível Clã do Pé. Mas, todos os reféns do ataque - inclusive Jessie - são salvos por misteriosos justiceiros noturnos.
Sem hesitar, Jessie vai atrás deles, até os altos prédios de Nova York, e descobre que esses justiceiros são...Tartarugas? Sim, Tartarugas, mutantes, ninjas e, por mais incrível que pareça...Adolescentes! E Jessie testemunha mais um crime, uma das tartarugas mata um homem que estava no metrô - mas será mesmo um homem humano?
Jessie quer gritar; quer ligar para a polícia; quer chamar seu amigo, Casey, que ficou esperando na calçada, enquanto ela teve a péssima ideia de perseguir os justiceiros...Mas como explicar a eles que não há rastro do corpo do homem e os assassinos são tartarugas gigantes?
E para complicar ainda mais, a mãe de Jessie some no ar e parece que todos que ela confiava estão escondendo coisas dela. Ela nem tem tempo de tomar uma decisão; logo as quatro tartarugas se apresentam para a estranha humana, que nem deveria saber da existência deles, mas sabe. Leonardo, Donatello, Raphael e Michelangelo são Tartarugas ninjas, cuja a missão é proteger o mundo do Clã do Pé e dos Kraang. E depois desse primeiro contato com Raphael e o Mundo Mutante, a vida de Jessie nunca mais será a mesma.