2 anos se passaram desde o ataque de W.D Gaster, porém, os problemas não acabaram, cada vez que Frisk e seus amigos conseguiam resolver um, sempre apareciam mais, de novo, de novo e de novo! Os humanos se cansaram dos monstros, porque eles perceberam que eles só traziam dificuldades para suas vidas, e então foi iniciado um programa com um único próposito... extermínio. Frisk, agora além de ser chamada de traidora de sua própria espécie, precisa enfrentar o fato que seus amigos monstros correm o risco de serem mortos.