Hyrule está em guerra com uma extensão de seu território, Lanayru, dominada pela espécie de Zora. Em meio a esse caos, Link, o campeão de Hyrule, recebe de Zelda a proposta de se casar com a princesa do reino inimigo, a fim de difundir a paz pelo território.
O que Link não contava era que Mipha possui um irmão mais novo, Sidon, por quem acaba se apaixonando.
Apesar do amor recíproco, os dois precisam esconder esse relacionamento de qualquer um entre os dois reinos, antes que uma guerra sangrenta seja declarada.