O Time 7 é enviado a uma simples missão de investigação em uma floresta, onde são designados ao descobrir os mistérios que rondam uma espada localizada em um templo. O que eles não esperavam é que ela os transportasse para um mundo totalmente novo, onde ninjas não mais existiam.

Ao lado de Gon, Killua, Kurapika e Leorio, Naruto e seu time descobrem o misterioso universo em que vivem os Hunters. Com isso, um novo poder surge: o nen.

Com isso, se inicia uma grande jornada de aventura em busca de voltar para casa.