Calvin Asakura um jovem morador da cidade de Pallet ira começar sua jornada com 15 anos junto de seu fiel companheiro Pichu e de mais dois amigos chamados Molly e Mamoru. No decorrer da viagem os jovens percebem que por algum motivo misterioso, anomalias estão ocorrendo em toda a região de Kanto, como Pokémon aparecendo em lugares que não deveriam, ou ate mesmo usando movimentos que não podem aprender de jeito algum, mas o que nossos heróis não faziam ideia, era de que seriam envolvidos nos mistérios da região.