As coisas na Academia Cross mudaram desde o ano anterior...
Yuuki se tornou uma vampira e descobriu ser irmã de Kaname Kuran, um vampiro puro sangue poderoso.
Yuuki sempre foi apaixonada por Kaname, mas só depois de se tornar vampira que percebeu que seu amor era de irmã, e acabou estando realmente apaixonada pelo seu melhor amigo Zero, que odeia vampiros e jurou mata-la no passado.
Kaname volta para a academia junto de Yuuki, e decide esquecer seu amor por ela e seguir em frente mas ainda se preocupa com o fato dela ter se apaixonado por Zero.
Uma nova aluna que conquista todos entra na turma do dia da Academia Cross, como um pedido especial ao diretor mas na realidade ela pertence a turma da noite.
A Academia Cross nunca será a mesma depois da entrada de Nina King.
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Novas paixões, novos desafios, novos alunos, novos conflitos, novas amizades e novas aventuras esperam nesta continuação da história contada no anime Vampire Knight e Vampire Knight Guilty.