Carly Shay (Miranda Cosgrove) volta da Itália e é uma surpresa para todos, mesmo todos já sabendo da sua chegada. Sam Puckett (Jennette Mccurdy) e Freddie Benson (Nathan Kress) ficam muito felizes com sua volta e decidem ir ao shopping para um dia cheio de diversão, mas não é bem isso que acontece. Carly desaparece misteriosamente durante uma sessão de cinema, deixando todos chocados. E, pra piorar, eles começam a receber e-mails e mensagens de alguém assinado por Anonym, que pretende fazer a vida deles um inferno, e que pode ser responsável pelo sumiço de Carly.
Com muito mistério e surpresa, ICarly: A Ameaça Anônima dá uma continuação ao final do seriado ICarly como uma mistura da aclamada série de drama adolescente Pretty Little Liars.