Doze anos após a Quarta Grande Guerra Ninja, Naruto decidiu seguir o mesmo caminho de seu mestre Jiraya, só não esperava encontrar novas aventuras em um novo "mundo" completamente desconhecido pelo mesmo.

Yōhei, assim são chamados os guerreiros mais fortes que passam em um exame extremamente difícil, testando sua capacidade física, mental e espiritual.

Trinity, a organização responsável por recrutar os melhores Yöheis para realizar trabalhos dos mais variados tipos. Também há aqueles que se tornam independentes e viajam pelo mundo realizando trabalhos de acordo com sua especialidade.
Alguns que entram na Trinity não estão interessados nos trabalhos, mas sim na autonomia que a organização oferece.

Uzumaki Naruto, um jovem de 15 anos aparentemente comum, é convidado a prestar o exame da Trinity por um estranho homem que dizia ter sido mestre de seu pai.
Sem entender nada, o loiro aceita a oferta para descobrir mais sobre sua falecida família.