No reino de Ylisse, os descendentes do rei-herói Marth são agora os regentes desta terra pacata e reverenciam o bondoso Dragão Naga. Diante de ameaças do reino vizinho, Plegia, o príncipe, Chrom lidera os Shepherds, um pequeno grupo de guerreiros e amigos que cuidam para que a paz entre os reinos seja mantida. Mas tudo começa a desandar no dia em que os Shepherds encontram uma misteriosa garota sem memória caída em um campo e a sombra do dragão maligno Grima se ergue sobre o continente mais uma vez sob a figura do cruel feiticeiro Validar. Quem é esta garota? O que o futuro reserva ao reino e aos Shepherds?