Após os eventos da saga ALO (Alfheim Online), meses se passaram, e o mundo de Alfheim Online foi agregado ao mundo de Sword Art Online.
Kazuto Kirigaya, também conhecido como Kirito, conseguiu chegar ao 100º andar, e estava a poucos passos de enfrentar a consciência de Akihiko Kayaba, criador do jogo, e também seu chefe final, conhecido como Heathcliff.
Mas justamente quando Kirito e seu grupo estavam às portas do Palácio-Rubi, uma terrível força misteriosa tomou Aincrad, e teletransportou Aincrad, Yggdrasil, e todos os jogadores presentes através das dimensões...
Enquanto isso em Magix, Bloom e suas amigas se preparavam para mais um ano letivo em Alfea, quando uma terrível força misteriosa surgiu em Magix, e fez aparecer duas terríveis construções: uma árvore gigantesca, e um castelo flutuante.
Agora, Bloom e Kirito precisarão unir suas forças para destruir uma terrível entidade maligna para salvar seus respectivos universos da destruição...

Logo após ter derrotado a sinistra organização "Heróis em defesa da "América para os Americanos"", Miguel entra em um período de isolamento para repensar seus atos e seu modo de viver, pois acabou de perder Magrí para seu melhor amigo, Crânio. Calú está fazendo um curso de teatro, e aproveitando seu namoro com Peggy MacDermott. Chumbinho se torna o líder em exercício dos Karas, que sem a presença de seu líder, entra em estado de hibernação. Um ano depois, uma tragédia acontece: Aeka Kirishima, amiga da mãe de Miguel, e mentora dele, sofre um atentado e fica gravemente ferida, entre a vida e a morte. Miguel só possui uma pista, com três palavras: NEO SHINDO RENMEI. Com os sentimentos de ódio e vingança queimando em seu coração, Miguel resolve contatar seus amigos, e trazer "Os Karas" de volta á vida, em mais uma emocionante aventura, que fará tremer os homens mais valentes.

Faz um ano que tudo aconteceu...A Justice High School entrou em chamas...O terrível samurai-ninja Hyo Imawano morreu...Após os incidentes, o presidente do Grêmio Estudantil da Taiyo High School, Kyosuke Kagami, desapareceu, alegando querer cumprir seu luto por seu irmão gêmeo.Fora isso, a vida estudantil tinha voltado ao normal nas escolas do Japão...Mas a terrível organização que começou essas terríveis cenas de crueldade ainda queria cumprir sua ambição: destruir todo o clã Imawano, e dominar todo o Japão.Batsu e Hinata agora precisarão formar uma nova equipe para defender o colégio na ausência de Kyosuke...O que acontecerá nas nossas amadas escolas desta vez?