Em meio aquela imensa tempestade... Em um grande navio, se encontra o nosso simpatico Ash viajando em mais umas de suas aventuras para se tornar o maior mestre pokemon do mundo... Mal ele sabia que todo o seu destino mudaria drásticamente...Quando ele acordasse em uma praia deserta e descobrisse que tinha virado... Um pokémon!

Aqueles mais antigos, ou até mesmo nem tanto, devem ter conhecido o grande Nintendo 64, com jogos memoráveis como Zelda Ocarina of Time, Paper Mario 64, Majora’s Mask, Kirby 64, Yoshi’s Story, Pokémon Stadium, Donkey Kong 64, entre vários outros.
Nessa aventura, alguns personagens de jogos, acabam voltando para a época do Nintendo 64, à procura de um impostor que está mudando o tempo, dimensões e fazendo algumas modificações nesses mundos. Será que juntando as forças de vários desses clássicos eles conseguirão encontrá-lo e destruí-lo?

Maryanne era uma humana que foi transformada em cyndaquil e perdeu sua memória. Ela conheceu o piplup Louis, com quem formou um famoso time de exploração: O time Poképals. Quando cresceram e evoluiram para quilava e prinplup, se mudaram para um lugar chamado Sunrise Town, onde formaram suas famílias. Um dia, Pauline, a filha de Louis, teve um sonho que mudará sua vida para sempre. Um pokémon estranho a disse pelo sonho que seus amigos e familiares estavam em perigo. E agora?

Quatro amigos tentam mudar as balanças do Tempo e da Escuridão!O que não sabem é que o mundo pode ser maior do que eles imaginariam!

Se você já leu Pokémon Mystery Dungeon: Team Pokéheroes, já deve ter imaginado as aventuras dos personagens secundários. Agora, você pode conhecer algumas delas!