Tempos desesperados pedem medidas desesperadas. O projeto CALIPSO pode soar drástico, mas é a última esperança da prestigiada Hope's Peak Academy.

Contudo, ele não é a prova de falhas.

Um grupo de 16 estudantes com talentos de grande excelência são convidados a estudar numa escola de qualidade muito especial. Essa escola procura reunir os maiores talentos do mundo e prepará-los para o futuro. Graduar-se nesta escola significa que se terá sucesso na vida, no entanto, fazê-lo é extremamente difícil. Logo, os adolescentes se veem numa ilha com uma diretora estranha, e ela explica aos 16 alunos que para se formar, é preciso cometer assassinatos, ou seja, só podem se graduar se conseguirem assassinar um dos colegas e sair impunes, sem ser descobertos. No entanto, se os restantes descobrirem quem é o assassino, apenas ele será executado, mas se não o fizerem todos serão aniquilados e apenas o assassino irá sairá da ilha.

Em um mundo similar ao nosso, Franz e seu esquadrão da SS irão realizar missões impossíveis antes, durante e depois da Segunda Grande Guerra de seu mundo.

Anos se passaram após a catástrofe causada por Enoshima Junko e os Remanescentes do Desespero. O mundo já havia se estabilizado novamente e tudo ia bem. Agora 16 jovens vão parar em um lugar estranho e são forçados a jogar um jogo de matança mútua, qual deles viverá? Quem matará? E quem morrerá?

Nathan Magrelinho é um novo estudante na escola municipal do morro do DR, um colégio onde só os mais picas podem estudar. Infelizmente, Nathan Magrelinho não sabe nem fazer meme no photoshop e só entrou porque a história precisa de um protagonista lixo e genérico igual o Shinji. Mal sabe Nathan que ele está metido em uma encrenca e tanto.
É amanhã, na sessão da tarde.

Os prodígios da humanidade, as esperanças de todos, se veem presos em uma mansão onde devem cometer assassinatos mútuos. A recompensa? Sair de lá e ter qualquer desejo garantido. Entretanto, no decorrer da história, muitas coisas se revelarão... mas nada enquanto não houverem múltiplas mortes.

Enquanto existirem sobreviventes, o desespero não terá fim, dessa vez, mais dezesseis estudantes foram sequestrados, colocados em um jogo de vida ou morte onde podem não sair com vida. Embora seus corações estejam cheios de esperança, o desespero os infectará até corromper suas almas, quem irá sobreviver? Qual deles conseguirá sair vivo em meio a este banho de sangue? Conseguirá a esperança sobreviver a um mar de sangue e de morte, onde apenas o desespero reina?

A Cidade da Esperança, era um projeto da academia, um lugar onde os estudantes pudessem passar as férias sem se preocupar com nada, podendo continuar suas pesquisas mesmo depois do ano letivo acabar, mas a construção dessa cidade nunca terminou por motivos financeiros, ou pelo menos, era o que parecia.

Mesmo com a sua morte próxima, Nanami não conseguia aceitar que Hinata a tinha esquecido depois de tudo que eles tinham passado juntos.

Era isso que Junko Enoshima sentia. Tudo que ela sentia. Tédio.

Ela sabia. Ela sabia que Hajime Hinata e Kamukura eram as mesmas pessoas.
Ela sabia e acreditou...até ao fim.

"Você teve uma segunda chance. Você podia ir para casa, fugir disto tudo. É irrelevante..."