Okabe Rintaro estava vivendo pacificamente quando começa a sentir mudanças nas linhas temporais novamente. Tal efeito foi causado por um humano estar usando o Death Note. Esta pessoa têm um poder incalculável, nem mesmo Near pôde lutar contra ele. Para vencer esse poderoso adversário, o cientista louco terá que criar um ponte entre as linhas do tempo e buscar aliados em diferentes datas.