The Meta-Pony Project é uma saga que conta a extraordinária e complexa história de 10 temporadas de um grupo de meta-pôneis chamados Originais. Liderados pelo guarda-real com um passado marcante, Flash Sentry, a Princesa Twilight Sparkle e o viajante do tempo, Doutor, eles travam uma luta para desvendar os mistérios de uma nefasta operação científica que passou gerações em segredo mesclando magia com ciência para tornar Equestria um lugar melhor. Ela não mais existe, contudo seu legado marca furiosamente a vida de seus 2 únicos herdeiros e o mundo.

Durante 6 temporadas, Flash e Soarin escavaram os restos mortais de uma operação científica que desenvolveu uma tecnologia capaz de mudar Equestria para sempre e assim aconteceu, quando caída em cascos errados, se apoderaram deste poder e procuraram moldar os pôneis à sua imagem, pôneis com superpoderes nasceram, eles viveram escondidos, até que a tecnologia do Projeto e os próprios vieram a ser expostos para o mundo todo.

Em um mundo aonde pôneis com superpoderes é real, os metas passaram a se esconder passados 4 meses do caos ocorrido com a derrubada União TORPOR. A União dos Originais, agora contando com EVA e Dawn Lights, continuam investigando, procurando e lidando com essa novas onda de metas por toda Equestria, porém um incidente na Floresta da Liberdade os levarão a buscar uma forma de trazer seus membros perdidos de volta para casa, pois a maior, mais perigosa e profundamente envolvida ameaça ao Projeto Meta-Pônei está finalmente chegando à superfície e será necessário mais do que uma simples equipe para impedi-la.
Será necessária muita investigação, conexão com partes, busca de figuras perdidas na história e também familiares e revelações para pôr fim a esta grande trama que dura já há muito mais do que 20 anos.

Prepare-se para as maiores revelações e conspirações que este grupo já viu até então.

Rarity convidou sua melhor amiga, AppleJack, para dormir em sua casa e acabou sendo uma noite mais divertida e diferente do que ela imaginava.

Bright Mac está na fazenda dos Pears consertando o velho reservatório de água que ele destruiu no meio de uma brincadeira com seu melhor amigo quando, para seu deleite, Pear Butter aparece para distrai-lo do serviço chato.

Wondercolts é 1 grupo acadêmico do 2º ano do ensino médio da escola Canterlot High, liderado pelo subgrupo das Equestria Girls; após a conclusão da grande luta ideológica contra o CEO das Indústrias Trans-Humanas (Way Winter, que se auto-intitulou O Divulgador), por parte dela ter mirado em expor a magia para o mundo, nossas garotas acabaram causando 1 problema preocupante para a cidade de Bellwood e às regiões vizinhas.
Uma grande chuva mágica pela Bellwood acabou causando o aparecimento de diversos objetos, animais e pessoas com capacidades mágicas, pessoas com diferentes e diversos poderes andam pelas ruas da cidade, cometendo crimes e causando atrocidades.
Com uma nova missão em suas mãos, Twilight Sparkle / Magia, Pinkie Pie / Alegria , Sunset Shimmer / Perdão , AppleJack / Honestidade, Rainbow Dash / Lealdade, Rarity / Generosidade, Fluttershy / Bondade e Spike vão cair em uma nova cascata de eventos e fenômenos mágicos para conter a magia, deter os vilões que a usarem para o mal e neutralizar os efeitos causados por ela enquanto o grupo é stalkeado por 1 novo e mascarado grande inimigo com intenções misteriosas e nefastas.

Soarin, o típico Wondercolt que ama Canterlot High mesmo a maioria dos times não vencendo a maioria dos jogos, se encanta a primeira vista pela nova atacante do time de futebol feminino da escola quando vê o desempenho dela em campo, mas logo ele vai descobrir que o coração daquela garota de cabelo colorido pode não ser tão fácil de conquistar.

Quando ainda era criança Luna, pediu que fizessem uma porta ligando seu quarto ao de sua irmã mais velha para poder correr para ela sempre que tivesse pesadelos. E essa mesma porta era usada agora por outra razão.

É uma longa viagem de trem, Fluttershy tem muito tempo para pensar em todas as razões que tem para amar Twilight Sparkle e a sorte que tem em poder chamá-la de namorada, apesar de nem tudo ser um mar de borboletas na vida dessas duas pôneis.

Quando descobrem que Marinette não tem uma cutie mark ainda, vira rapidamente motivo de piada. Até que Adrien a leva para a sede das Cutie Mark Crusaders, onde ela tem a chance de descobrir a sua.

A humanidade entrou na Era de Ouro da Ciência, todo dia descobertas nas áreas de astronômia, biologia, química e física criam novos conceitos e moldam o mundo de amanhã, logo, uma descoberta ou outra trará uma revelação que poderá chocar o mundo.
Conheça Twilight Sparkle, Applejack, Rarity, Fluttershy, Rainbow Dash, Pinkie Pie e Sunset Shimmer, 7 adolescentes do 2º ano do ensino médico que fizeram uma grande descoberta: a mágica, uma força que rege outra dimensão, contudo, 8 incidentes com a magia acabaram mostrando o quanto ela pode ser perigosa.
Uma potência desconhecida para as garotas traça 1 plano perigoso ao descobrir a magia, as garotas e suas vidas pessoais, 1 plano para revelar ao mundo tudo o que as meninas já desvendaram. Essa revelação poderá ser uma precursora da desgraça e da ruína da civilização, quando os pilares que sustentam a sociedade moderna (história, ciência, política, religião e entre outros) são ameaçados por uma revolução que pode mudar a visão sobre tudo.

No aniversário de Pinkie Pie, a ausência da pônei da lealdade fez com que a pônei da alegria julgasse ter sido esquecida por Rainbow Dash.