A história das Tartarugas Ninjas começa quando um certo dia Yoshi, um grande lutador de artes marciais se vê obrigado a fugir do Japão para Nova Iorque, levando consigo somente alguns pertences e entre eles Splinter, seu ratinho de estimação, devido a uma briga em que foi obrigado a matar o seu rival chamado Nagi, por causa da sua amada Tang.

Um tempo depois, o irmão de Nagi o encontra e acaba matando Yoshi. Na luta a gaiola onde se encontrava Splinter se quebra e ele passa a vagar pelas ruas e becos, até que num determinado dia, um caminhão deixa cair um container contendo substâncias radioativas contaminando Splinter e mais quatro tartarugas, que um garoto carregava na hora do acidente.

Splinter resgata as quatro tartarugas e passa a cuidar delas, mas com o tempo, tanto Splinter quanto as quatro tartarugas começam a crescer e assumir uma forma humanóide, devido a contaminação radioativa.

Splinter, que havia aprendido artes marciais observando Yoshi, começa a passar seus conhecimentos as tartarugas, além de batizá-los com os nomes de quatro grandes artistas na renascença: Donatelo, Michelangelo, Rafael e Leonardo.

Nesse meio tempo eles conhecem April O'Niel, uma antiga assistente de um cientista e passam a ter uma grande amizade. Ela acaba também se tornando o contato deles com o mundo fora dos esgotos, onde eles moram.

As Tartarugas Ninjas tornam-se grandes comedores de pizza, além de defensores da justiça e lutam contra as forças do mal nos arredores de suas casa. Esta é basicamente o enredo da história, que logo se transformaria em um grande sucesso dos desenhos animados da televisão. Foram inclusos novos e diferentes personagens incluindo a Abril O´Neil, Casey Jones, Rocksteady e Bebop, Baxter Stockman, Don Turtelli e outros. 

Os personagens originais como os soldados do clã (Foot Soldiers) permaneceram fiéis aos comics somente no aspecto e alienação. Krang, um dos vilões mais memoráveis da série, foi inspirado por um desenho de Os Utrom, uma raça alienígena benévola da Mirage Comics.

As caricaturas das tartarugas ninjas formam grande parte do universo dos TMNT. A maioria das pessoas não conhece as outras versões e quando chega a conhecê-las, rejeitam todas menos a original.

Os fanáticos ocasionais desdenham em novas interpretações (que é mais exata), dizendo que não é tão divertida como a série de animação original, entretanto os fanáticos puros das histórias argumentam que a nova série de televisão não é totalmente leal aos comics.

Em setembro de 1997 estreou na televisão americana Fox Kids Network, uma série de ação com atores em trajes de tartarugas chamada de Ninja Turtles: The Next Mutation. Nesta série televisiva, os quatro guerreiros, Donatelo, Micheangelo, Rafael e Leonardo, contam com a ajuda de uma tartaruga do sexo feminino chamada de Vênus de Milo.

Na história Vênus teria sofrido as mesmas mutações dos outros quatro, mas havia sido levado pela correnteza do esgoto de Nova Iorque, só reaparecendo 17 anos depois. Essa quinta tartaruga chamada de Vênus de Milo, era uma grande conhecedora das artes místicas de Shinobi.

Segundo a cronologia desta série, Shreeder já havia sido derrotado e as tartarugas tinham agora novos vilões, o visual das tartarugas mudava um pouco, mas eles continuavam a criar muita confusão, lutam muito e continuam ser fanáticos pelas pizzas.